В 1687 году в Заиконоспасском монастыре Москвы было открыто Славяно-греко-латинское училище, что стало возможным благодаря первым московским школам. В 1701 году училище переименовали в Славяно-греко-латинскую академию. Идея создания училища принадлежала «латинствующим» Симеону Полоцкому и Сильвестру Медведеву.
В качестве первых учителей были приглашены греческие монахи, выпускники Падуанского университета братья Софроний и Иоаникий Лихуды. Это должно было сгладить противоречия между «латинствующими», ратующими за развитие светского образования, и «грекофилами», сторонниками греческой православной культуры и богословского направления в образовании. Будучи проповедниками и мыслителями, братья Лихуды к программе изучения греческого языка добавили риторику. В 1694 году их, как не оправдавших надежд «грекофилов», отстранили от преподавания.
Первыми обучающимися Славяно-греко-латинского училища стали 104 человека, набранные из Богоявленской и Типографской школ. К 1689 году количество учеников увеличилось до 182. Поскольку в основе обучения лежал внесословный принцип, к тому же оно было бесплатным, учиться могли все желающие «всякого чина, сана и возраста».
Программа обучения была рассчитана на двенадцать лет и разделена на восемь классов, или «школ». В низших обучали славянскому и латинскому языкам, арифметике, истории, географии, катехизису. Далее к языкам добавляли стихосложение и литературное сочинение, изучали богословие и красноречие.
Продолжить своё образование многие выпускники могли за границей. Постепенно академия получила европейскую известность, и с 1721 года на учёбу начали принимать иностранцев. Очень известными стали библиотека и театр академии, один из первых театров в стране.