Расследование дела Романовых продолжалось, однако неоспоримых доказательств обвиняющая сторона не находила. Не было препятствий к тому, чтобы позволить царской семье уехать, однако большевики не были готовы к такому шагу: опасались, что он может в будущем иметь плачевные последствия. Тем временем было принято решение отправить Романовых в Тобольск в ссылку — после прихода к власти большевистской партии никто не мог защитить царскую семью.
Романовы достаточно долго жили в Тобольске — неизвестно, что происходило в доме, где они жили, но контроль со стороны охраны был строгим. В марте появляются новые обвинения и расследование набирает обороты — из-за Николая, который будто бы попробовал сбежать. В конце концов семью перевозят в Екатеринбург, где селят в доме купца.
В то же время недалеко от места проживания Николая не затихали бои, и большевиков беспокоило, что враг может использовать Романовых в своих целях. Это ускорило принятие решения, и приказ о расстреле царской семьи был издан 12 июля. В 1918 г. одним поздним вечером к Романовым пришли уполномоченные представители. Они приказали разбудить спящих и спуститься всем в подвальное помещение — будто бы для обеспечения их же безопасности. Следом за царской семьей в подвал последовали слуги. Расстрельный приговор зачитали как только все оказались внизу. Не до конца проснувшиеся еще люди даже не успели понять, что происходит, как раздались выстрелы, и к часу ночи все было кончено — Романовы и их слуги были убиты. Их останки отвезли на заброшенную территорию и попытались сжечь, а когда не вышло — скинули в шахты. Позже останки достали и захоронили без указания места. Власть узнала о событиях этой ночи наутро, а общественность — через день из газет.